Dans la série "X", la saga prend un second souffle. L'histoire se situe plusieurs années après les épisodes "classiques" dans un monde futuriste où humains et machines cohabitent...

Dr. Thomas Light Le créateur de X, illustre scientifique aujourd'hui disparu, il apparaît sous forme holographique dans des capsules cachées destinées à aider Mega Man.

Dr. Cain L'archéologue qui a découvert l'ancien laboratoire de Light et qui a déterré X. Il s'est inspiré de sa technologie avancée pour créer une nouvelle génération de robots autonomes : les réploïdes.

Mega Man X X est un robot-justicier capable de penser et de prendre ses propres décisions.

Zero Mystérieux robot errant conçu bien avant les réploïdes. Il a été retrouvé et vaincu par Sigma puis reprogrammé par Cain. Désormais, il combat aux côtés de X les réploïdes qui se sont retournés contre les humains.

Sigma L'un des Réploïdes créés par Cain, il s'est soudainement révolté peu après son duel avec Zero. Depuis, c'est le méchant récurrent, déterminé à exterminer les hommes et tous les robots qui osent s'opposer à lui.